Официальна Версия "Комиссии Уоррена"
В первые дни после убийства расследование параллельно вели Секретная служба США и ФБР. После того, как указом Джонсона была создана комиссия Уоррена, все полномочия по делу были переданы ФБР. За время изучения обстоятельств убийства в Даллас было направлено более 80 сотрудников ФБР, которые провели более 25 000 допросов и составили около 2 300 докладов на 25 400 страниц. 9 декабря 1963 года окончательный отчёт ФБР был составлен и передан комиссии Уоррена. В дальнейшем во время работы комиссии на ФБР лежали основные обязанности по ведению следствия.
Позднее отмечалось, что ФБР с самого начало рассматривало только версию о том, что Освальд действовал без сообщников. Директор ФБР Джон Эдгар Гувер уже 24 ноября (через два дня после убийства) в телефонном разговоре с Джонсоном говорил, что ему «требовалось что-нибудь, что можно было бы представить публике в доказательство того, что убийцей был Освальд».
Комиссия Уоррена29 ноября 1963 года, через неделю после убийства Кеннеди, была создана специальная комиссия по расследованию обстоятельств убийства президента. В неё вошли 7 человек, во главе комиссии был поставлен председатель Верховного суда США Эрл Уоррен. Работа комиссии продолжалась 10 месяцев. 24 сентября 1964 года комиссия предоставила Белому дому доклад об убийстве Джона Кеннеди. Согласно нему единственным исполнителем убийства был Ли Харви Освальд, который действовал без сообщников. Расследования, проводившиеся специально созданными государственными комиссиями после комиссии Уоррена, подтверждали основные положения доклада, хотя в докладе Комитета Палаты представителей США по убийствам было сделано заключение, что Освальд действовал не один, а в составе некой преступной группы. К настоящему времени было издано огромное количество исследований, содержащих критику доклада комиссии Уоррена и предлагающих альтернативные версии убийства.
По версии комиссии Освальд, находясь на шестом этаже школьного книгохранилища, совершил три выстрела, один из которых (какой именно по счёту, комиссия не определила) не достиг цели. Интервал между выстрелом, ранившим президента в верхнюю часть спины, и смертельным выстрелом составил от 4,8 до 5,6 секунд. Это в частности подтверждалось тем, что на месте, откуда Освальд предположительно вёл огонь, было обнаружено три гильзы, и что выстрелы, согласно экспертизе, были произведены из обнаруженного там же карабина Каркано M91/38. Согласно докладу, пуля, ранившая Кеннеди в спину, вышла через шею и ранила Конналли. Выпущенная снайпером сзади и справа от Кеннеди пуля могла, пройдя навылет через президента, ранить сидевшего впереди него губернатора, потому что в момент выстрела Кеннеди, приветствовавший толпу, сместился к самому краю лимузина (см. схему), кроме того, эксперты по баллистике установили, что пуля, ранившая губернатора, на момент попадания сильно потеряла скорость, что скорее всего было вызвано прохождением через ткани тела другого человека. Этот вывод неоднократно подвергали критике, подобная траектория пули казалась маловероятной, поэтому среди оппонентов официальной теории убийства Кеннеди возник иронический термин magic bullet («магическая» или «волшебная» пуля).
Хранение материалов расследованийВсе материалы комиссии Уоррена в 1964 году были переданы в Национальное управление архивов и документации (Национальные архивы). Не опубликованные ранее документы согласно правилам Управления могли быть преданы гласности не ранее, чем через 75 лет (то есть в 2039 году), поскольку все они касались расследования, проводимого федеральными органами. В 1966 году был принят Акт о свободе информации, который устанавливал общие правила доступа к правительственным документам и случаи, когда доступ мог быть ограничен.
В 1992 году Конгресс США принял Акт о собрании материалов об убийстве президента Джона Фитцджеральда Кеннеди (President John F. Kennedy Assassination Records Collection Act). Этот акт обязывал Национальные архивы собрать и опубликовать все материалы расследований. Допускалась отсрочка публикации сведений, которые могли нанести ущерб военной безопасности, деятельности спецслужб, правоохранительным органам или внешней политике, могли раскрыть личность тайного информатора или нарушить тайну частной жизни. Акт предусматривал создание Совета по пересмотру материалов убийства (Assassination Records Review Board), в обязанности которого входила публикация относящихся к убийству документов и анализ запросов государственных органов об отложении публикации документов. Когда поступал подобный запрос, Совет решал, подпадает ли изложенная в документе информация под один из установленных Актом случаев. За время работы Совет опубликовал около 60 000 документов на более чем 4 000 000 страницах.
К 1992 году, ещё до создания Совета по пересмотру материалов убийства, 98 % документов комиссии Уоррена было рассекречено, и в архивах находилось только около 3000 страниц. В ходе работы Совета были опубликованы все материалы комиссии за исключением тех, которые касались возврата налогов. Минимальные изъятия касались имён агентов и секретных методов спецслужб. Не были опубликованы фотографии и рентгеновские снимки, сделанные во время вскрытия тела Кеннеди, которые не входили в отчёт комиссии Уоррена. Все остальные документы предполагается опубликовать до 2017 года. Известно, что отдельные документы были уничтожены: например, досье на Освальда, составленное военной разведкой, было уничтожено в 1973 году.